Экономический факультет МГМСУ создан в  2004 году в соответствии с приказом ректора   от 1 марта 2004 года № 40/0. На основании решения Ученого Совета от 24.02.2004 г. и  лицензии, выданной Министерством образования Российской Федерации Серия А № 001612 регистрационный  № 1576 4 февраля 2004 г.

Положение об экономическом факультете принято Ученым советом МГМСУ 28 сентября 2004 г. (Протокол № 2), дополнено и переработано в 2012 году и принято Ученым советом МГМСУ 28 февраля 2012 года (Протокол № 9).

Экономическийфакультет является учебно-научно-практическим административным структурным подразделением Московского государственного медико-стоматологического университета имени А.И. Евдокимова. Обучение осуществляется по специальности 080502.65 «Экономика и управление на предприятии (по отраслям)», специализация – Управление финансами на предприятии, квалификация – экономист-менеджер (аккредитация № 1029 от 11 июля 2011г.) и подготовку бакалавров по направлению 080200 «Менеджмент», по профилю «Производственный менеджмент».

Направление подготовки 080200 «Менеджмент», квалификация – бакалавр  было открыто в Московском государственном медико-стоматологическом университете имени А.И. Евдокимова на экономическом факультете в2010 г (лицензия № 1083 от 11 апреля 2011 г).

Формы обучения: полное дневное (первое высшее) образование, второе высшее экономическое образование, аспирантура, соискательство в сфере экономики и управления на предприятиях здравоохранения.

 Первым деканом экономического факультета (с 2004 по февраль 2008 года) была доктор экономических наук, профессор, Заслуженный экономист России Подпорина Ирина Всеволодовна.

С 2008 года по март 2020 года деканом была доктор экономических наук, профессор Горькова Татьяна Юрьевна.

С марта 2020 г. по апрель 2023 г. деканом факультета был д.э.н., проф. Стерликов Павел Федорович. В настоящее время деканом факультета является к.э.н., доц. Халтурин Роман Александрович.

С 2020 года на экономическом факультета ведется обучение по двум направлениям подготовки бакалавров: 38.03.01 «Экономика» (очная форма), 38.03.02 «Менеджмент» (очная и заочная формы), а также открыта магистратура по направлению подготовки  38.04.01 «Экономика».