Факультет среднего медицинского образования основан по решению Ученого Совета института 31 августа 1998 года.

Деканом факультета все эти годы является Лауреат премии Правительства РФ, заслуженный врач РФ, доктор медицинских наук, профессор Арутюнов Сергей Дарчоевич.

В 1998 году на факультете открыто отделение подготовки зубных техников. Обучение проводится на основании Лицензии федеральной службы по надзору в сфере образования и науки.

Для обучения студентов на отделении подготовки зубных техников была создана учебная зуботехническая лаборатория, где студенты имеют персональное рабочее место оборудовано в соответствии с современными требованиями и обучаются лабораторным технологиям основных видов зубных протезов, ортодонтических и челюстно-лицевых аппаратов.

В 2001 году на факультете открыто отделение подготовки гигиенистов стоматологических. Студенты факультета обучаются на теоретических и клинических базах университета.

На основании приказа №512 от 15 декабря 2006 года «Об изменении структуры университета» Факультет среднего медицинского образования переименован в Факультет среднего профессионального образования.

В 2006 году на факультете открыты новые отделения: отделение подготовки фельдшеров, медицинских сестер, медицинских лабораторных техников, медицинских оптиков оптометристов.