Стоматологический факультет университета обследовала комиссия экспертов из международной (Амстердам) образовательной организацииADEE(в её составе более 160 стоматологических школ мира). По заключению международных экспертов стоматологический факультет МГМСУ является «хорошим стоматологическим образовательным учреждением, соответствующим стандартам, изложенным Европейским союзом и тематической сетью ДентЭд. Университет – ведущий стоматологический институт в стране, с большим уважением относящийся к традициям Российского стоматологического образования».

В целях получения максимально объективной оценки качества образовательного процесса в вузе Московский государственный медико-стоматологический университет обратился в Федеральное агентство по техническому регулированию и метрологии с просьбой о проведении сертификации систем менеджмента качества по видам деятельности, осуществляемых в МГМСУ. В результате работы, проведённой через Систему добровольной сертификации «ТЕХНОПРОГРЕСС», получен сертификат соответствия № СДС.ТП.СМК.002192-08 в котором удостоверено, что Система Менеджмента Качества (ISO 9001:2000) Университета при выполнении подготовки квалифицированных специалистов с высшим, средним профессиональным образованием и научно-педагогических кадров высшей квалификации; организации и проведении фундаментальных и прикладных научных исследований и иных научно-технических, опытно-конструкторских работ, в том числе по проблемам образования, использование полученных результатов в образовательном и лечебном процессе; подготовки, переподготовки и повышения квалификации специалистов с высшим, средним профессиональным образованием, научно-педагогических работников высшей квалификации, аттестации научно-педагогических и медицинских кадров; развития международного сотрудничества в области науки, образования и здравоохранения соответствует требованиям ГОСТ Р ИСО 9001-2001. Действие данного сертификата имеет ежегодное подтверждение.