Кафедра факультетской хирургии № 2 МГМСУ основана в 1970 году и располагается на базе Городских клинических больниц № 68 и 70. Курс ФПДО базируется на клинических базах КБ 119 ФМБА, Российского онкологического научного центра им. Н.Н. Блохина РАМН.

В составе кафедры функционирует лаборатория минимально-инвазивной хирургии под руководством профессора Панченко Д.Н. Клиничевкой базой лаборатории является КБ №83 ФМБА.
Клинические базы кафедры оснащены современной диагностической и лечебной аппаратурой, имеют отделения эндоскопии, ультразвуковой диагностики, ангиографии, компьютерной и магниторезонансной томографии.