Направления научно-исследовательской работы полностью соответствуют профилю подготовки специалистов стоматологического факультета. Сегодня научную деятельность факультета курирует проректор по научной работе и международной деятельности МГМСУ имени А.И. Евдокимова Е.А. Вольская. Ежегодно на стоматологическом факультете проходят научно-практические конференции на базе МГМСУ. С 2003 года в университете традиционно проводится ежегодный Всероссийский стоматологический «Дентал-Форум», «Образование, наука и практика». Научные достижения экспонируются на российских и международных выставках, отмечаются высокими наградами.

Студенческое научное общество МГМСУ имени А.И. Евдокимова – это добровольное объединение студентов, участвующих в научно-исследовательской работе студенческих научных кружков кафедр Университета.

Целью студенческого научного общества является привлечение студентов к научно-исследовательской работе, помощь студентам в овладении методами научной деятельности, содействие подготовке квалифицированных научно-педагогических медицинских кадров для Университета. Сейчас на посту научного руководителя Совета студенческого научного общества много и плодотворно работает доцент Г.П. Генс. В настоящее время на всех кафедрах факультета функционируют студенческие научные кружки. Участие в научном кружке позволяет более глубоко познакомиться с вопросами отдельных предметов, получить навыки научной, практической работы, работы с литературными источниками.

Студенты факультета являются активными членами студенческого научного общества и ежегодно активно участвуют в конференциях студенческого научного общества по различным секциям, начиная с 1 курса и в возрастающем количестве от курса к курсу. Наиболее способные занимают призовые места, награждаются грамотами и дипломами.