Научно-исследовательский медико-стоматологический институт (НИМСИ) объединяет 8 исследовательских лабораторий, а также экспериментальную базу (виварий), в которых выполняются научные исследования – долгосрочные по программам Минздрава РФ (Государственное задание), Департамента здравоохранения и социальной защиты г. Москвы, а также по грантам и инициативным планам, утверждаемым Учёным советом НИМСИ на каждый год.

  Исследовательская деятельность лабораторий направлена на фундаментальные аспекты, а также прикладную тематику в области клинической медицины.

• Лаборатория проблем стоматологии

• Лаборатория пульмонологии

• Лаборатория молекулярно-биологических исследований

• Лаборатория экспериментальной и клинической офтальмологии

• Лаборатория системного анализа в здравоохранении

• Лаборатория патогенеза и методов лечения инфекционных заболеваний
  

• Лаборатория скорой медицинской помощи

• Лаборатория фармакологического анализа