Лаборатория пульмонологии была создана в 1970 году по инициативе заслуженного деятеля науки, д.м.н., профессора Василия Васильевича Родионова и академика РАМН, д.м.н., профессора Евгения Ивановича Соколова. Длительное время ее возглавлял известный бронхолог Виталий Иванович Шевелёв (ныне заведующий отделом клинической медицины НИМСИ). В настоящее время лабораторию возглавляет доктор медицинских наук Кирилл Алексеевич Зыков.

  До 2006 года базой лаборатории было специализированное пульмонологическое отделение ГКБ №70 где разрабатывались и совершенствовались методы диагностики и лечения хронических обструктивных заболеваний легких, бронхиальной астмы, послеоперационных бронхолегочных заболеваний.

  В настоящее время основными клиническими базами лаборатории пульмонологии отдела клинической медицины НИМСИ МГМСУ являются московская городская поликлиника № 62 и ФГБУ Российский кардиологический научно-производственный комплекс (РКНПК) Минздрава России. Лаборатория пульмонологии на постоянной основе осуществляет научное взаимодействие с НИИ пульмонологии МЗ РФ, НИИ клинической кардиологии им. А.Л. Мясникова РКНПК, Медико-генетическим научным центром РАМН, НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова РАМН, МНИОИ им. П.А. Герцена.