Кафедра эндоскопической хирургии ФДПО была образована по решению Ректората и Ученого Совета МГМСУ в декабре 2007 года и начала свою работу с 09 января 2008 года.

Предпосылкой для создания кафедры эндоскопической хирургии ФДПО явились результаты работы курса эндоскопической хирургии ФПДО на кафедре общей хирургии лечебного факультета, который был организован в 1996 году заведующим кафедрой, президентом Российской ассоциации эндоскопических хирургов, профессором С.И. Емельяновым. К 2007 году на курсе эндоскопической хирургии было проведено обучение более 1500 врачей хирургических специальностей. Растущие потребности медицинских учреждений в квалифицированных специалистах и необходимость внедрения современных высокотехнологичных медицинских методик также обусловили необходимость расширения курса эндоскопической хирургии и преобразование его в отдельное структурное подразделение.

В настоящее время кафедра эндоскопической хирургии ФДПО располагается на базе Больницы Центросоюза Российской Федерации.

19 апреля 2011 года на кафедре эндоскопической хирургии ФДПО был открыт современный Учебный тренажерный центр по эндоскопической хирургии, который в 2019 году при поддержке Российского общества хирургов и Российского общества эндоскопических хирургов был преобразован в Экспертно-методический образовательный центр. Учитывая многогранность и специфику эндоскопической хирургии, Экспертно-методический образовательный центр оснащен несколькими разновидностями тренажеров/симуляторов:  видеотренажеры; механические тренажеры; симуляторы, позволяющие моделировать в виртуальной среде задания по отработке практических навыков различной сложности, вплоть до этапов некоторых оперативных вмешательств с возможными осложнениями при ошибке обучающегося в технике выполнения операции и независимой оценкой программой выполненного задания. В Экспертно-методическом образовательном центре создана система прямой видеотрансляции эндовидеохирургических операций в учебные аудитории с конференц-связью, что позволяет врачам-курсантам не только следить за ходом операции, но и слышать комментарии оперирующего хирурга, а также при необходимости обмениваться мнениями.

С 1994 года и по сегодняшний день, при участии кафедры эндоскопической хирургии ФДПО, издается периодическое научно-практическое издание Российского общества эндоскопических хирургов – рецензируемый журнал «Эндоскопическая хирургия», главным редактором которого является заведующий кафедрой, профессор С.И. Емельянов; ежегодно проводятся Всероссийские съезды с международным участием Российского общества эндоскопических хирургов.