Впервые преподавание гистологии студентам Государственного института зубоврачевания (ГИЗ) было поручено коллективу кафедры гистологии 1-го Московского медицинского института. Началось преподавание в 1935 – 1936 учебном году. Руководил учебным процессом профессор Михаил Аркадьевич Барон. Кафедра гистологии ГИЗ была сформирована в 1936 году. Возглавил ее доцент Александр Васильевич Аникин, известный педагог и ученый, ученик и научный последователь выдающегося отечественного гистолога И.Ф. Огнева.

В 1938 году на должность заведующего кафедрой был избран д.м.н., профессор Арнольд Леонович Шабадаш. Его классические исследования нервной системы признаны учеными всего мира. В 1949 году А.Л. Шабадаш издал первую в мировой науке монографию, посвященную изучению гликогена в нервной ткани. В том же году институт был переименован в Московский медико-стоматологический институт (ММСИ).

С 1953 года кафедру возглавлял профессор Лев Иосифович Фалин, блестящий экспериментатор и ученый, в совершенстве владевший гистологической техникой и техникой микрофотографии. Опубликованные им научные работы получили широкую известность как у нас в стране, так и за рубежом. Возглавив кафедру гистологии ММСИ, Л.И.Фалин активно включился в научную работу по новому для него направлению, связанному с изучением гистофизиологии органов полости рта, их развития и иннервации. Профессор Л.И. Фалин – один из первых в стране применил для изучения органов полости рта весь арсенал методов классической гистологии, нейрогистологии и гистохимии. В работах Л.И. Фалина и его учеников всегда прослеживались традиции классической отечественной нейроморфологии и органически сочетались вопросы морфологии и физиологии. Наибольший интерес представляют работы Л.И. Фалина, посвященные развитию полости рта человека, в частности развитию жаберного аппарата и его производных. Результаты этих исследований легли в основу монографии: «Гистология и эмбриология полости рта и зубов» (1963), которая стала единственным учебником в нашей стране для обучения будущих стоматологов на многие десятилетия. Л.И. Фалин – автор первого отечественного учебного атласа по гистологии и эмбриологии (1957).  Им была собрана уникальная  коллекция человеческих эмбрионов, которая легла в основу первого в отечественной и зарубежной литературе специального атласа по эмбриологии человека.

В 1969 году заведующим кафедрой гистологии ММСИ был избран д.м.н., профессор Юрий Николаевич Копаев, автор 109 научных работ, соавтор и издательский редактор первого выпуска учебника «Гистология», один из создателей проекта «Международной гистологической номенклатуры» на русском и латинском языках. В течение ряд лет Ю.Н. Копаев был проректором по учебной работе ММСИ, членом Ученых Советов ММСИ, 1 МОЛМИ им. И.М.Сеченова и УДН, являлся членом Высшей Аттестационной Комиссии при Совете министров СССР. За значительный вклад в развитие отечественного здравоохранения и медицинской науки профессор Ю.Н.Копаев награжден орденом Знак Почета (1965) и орденом Октябрьской Революции (1981). Профессор Ю.Н. Копаев был участником Великой Отечественной Войны – боевым летчиком на Ленинградском фронте. Профессор Ю.Н. Копаев награжден 19 боевыми и трудовыми наградами.

С 1988 года кафедру гистологии ММСИ возглавлял д.м.н., профессор Владимир Владимирович Гемонов – выпускник ММСИ, ученик и непосредственный продолжатель научных направлений, разработанных профессором Л.И. Фалиным. Профессор В.В. Гемонов – член авторского и редакторского коллектива первого в отечественной литературе «Энциклопедического словаря медицинских терминов» (1983 г.) В течение 12 лет – ученый  секретарь редакционного отдела Главной редакции 3-го издания БМЭ и ММЭ. Профессор В.В. Гемонов являлся членом авторского коллектива  2-х томного «Руководства по гистологии человека» (2001г.). В течение ряда лет был деканом стоматологического факультета.

С 2006 по 2014 год заведующей кафедрой гистологии МГМСУ была д.б.н., профессор Людмила Михайловна Ерофеева. Основные научные направления профессора Л.М. Ерофеевой связаны с реакцией лимфоидной ткани и иммунной системы на экстремальные факторы, включая условия космического полета.

В 2015 году кафедру возглавил член-корреспондент РАН, профессор Виктор Васильевич Банин — выпускник 2-го Московского медицинского института им. Н.И.Пирогова (Российского государственного медицинского университета), в стенах которого он проработал около 40 лет. Основные направления научно-исследовательской работы В.В. Банина связаны с проблемами цитологии (внутриклеточный транспорт, стволовые клетки), микроциркуляции и ангиогенеза. В.В.Банин — квалифицированный и авторитетный гистолог, автор более 200 научных трудов, в том числе 4 монографий и руководства-справочника по международной гистологической терминологии (“Terminologia Histologica”, 2009 г., редактор). В.В. Банин известен морфологам нашей страны и стран ближнего зарубежья как человек, который много внимания уделяет научно-общественной деятельности. Он является членом Президиума Научного медицинского общества анатомов, гистологов и эмбриологов, президентом Международной Ассоциации морфологов, главным редактором журнала «Морфология». членом редколлегий еще трех научных журналов, членом двух диссертационных советов. Награжден орденом «За заслуги перед отечеством II степени».

В настоящее время кафедра гистологии, эмбриологии и цитологии является одной из крупнейших в системе медицинского образования и ведущей кафедрой в системе медицинского стоматологического образования. На кафедре обучаются студенты I и II курсов лечебного и стоматологического факультетов, включая иностранных, и студенты Института цифрового здравоохранения. В соответствии с утвержденными программами проводятся адаптированные к особенностям преподавания на стоматологическом и лечебном факультетах практические занятия и лекции. С целью повышения качества преподавания лекции читаются в гибридном формате с использованием мультимедийных презентаций. Практические занятия проводятся в учебных комнатах, каждый студент имеет индивидуальное место работы, микроскоп, наборы микропрепаратов. Для демонстрации гистологических препаратов, объяснения структуры органов и контроля практических навыков используются методики на основе компьютерной техники. В настоящее время на кафедре активно внедрятся платформа «виртуальной микроскопии», позволяющая заместить микроскопию «актуальную». При участии сотрудников кафедры вышел в свет интерактивный атлас «Цитология. Общая гистология», в котором представлены изображения полных гистологических срезов и электронно-микроскопические иллюстрации.

Преподаватели обращают внимание на уровень знаний и способность к усвоению знаний и новой информации. Оценка обучаемости проводится в форме собеседования с группой студентов и индивидуально. На каждом практическом занятии постоянно проводится воспитательная работа. Уделяется внимание дисциплине, внешнему виду, серьезному и внимательному отношению к учебе, здоровому образу жизни, взаимоотношениям студентов в группе.

Внеаудиторная самостоятельная работа студентов оценивается с помощью тестирования на учебном портале МГМСУ.

Согласно учебным планам кафедра гистологии, эмбриологии и цитологии проводит промежуточную аттестацию (экзамен) студентов лечебного факультета и института цифрового здравоохранения – в зимнюю сессию (2 курс), и 1-го курса стоматологического факультета – в весеннюю сессию. Для подготовки студентов к экзаменам на кафедре имеется вся необходимая информация, доступная в течение всего учебного года. В коридоре кафедры размещены стенды, где представлены: планы лекций и практических занятий, перечень экзаменационных препаратов, электронных микрофотографий, контрольные задания, а также критерии оценки знаний студентов на экзамене, расписание экзаменов и консультаций, эталон ответа на экзамене, график работы аудитории для самостоятельной работы. Много учебной информации размещено на портале МГМСУ.