Кафедра детской хирургии Московского государственного медико-стоматологического университета создана в 1973 году вначале как курс детской хирургии в связи с организацией лечебного факультета Московского медицинского стоматологического института. В 1976 году курс был преобразован в кафедру детской хирургии. Клинической базой кафедры является многопрофильная Измайловская детская городская клиническая больница, а также детская клиническая больница №38 Федерального медико-биологического агентства.

   Первым заведующим кафедрой был профессор Тихонов Юрий Алексеевич, который руководил кафедрой в течение 20 лет.

   Ю.А. Тихонов – видный детский хирург, автор более 120 работ по  различным разделам детской хирургии, среди которых 3 монографии. Им написаны главы для учебников по детской хирургии, статьи в Большой медицинской энциклопедии. Наибольшую известность получили его работы по патологии периферических сосудов, в частности, монография «Врожденные пороки периферических сосудов у детей» в соавторстве с Ю.Ф. Исаковым была удостоена премии Минздрава РСФСР.

   С 1995 по 2003 г. кафедрой руководил Лауреат Государственной премии СССР профессор Ерохин Анатолий Павлович, который являлся крупным детским хирургом, одним из ведущих детских урологов. Его работы по урологии известны как в России, так и за рубежом, и среди них монография «Крипторхизм». Профессор А.П. Ерохин - автор 3 изобретений, около 200 научных работ, в том числе 2 монографий, соавтором учебников по детской хирургии и урологии, руководства для врачей по детской хирургии, руководства по оперативной детской хирургии. Под его руководством защищены 23 кандидатские диссертации. А.П. Ерохин был одним из организаторов издания журнала «Детская хирургия», в котором активно работал как член редколлегии.

   С 2003г. на кафедре работал профессор, д.м.н. Файзулин А. К. С 2003г. являлся доцентом кафедры детской хирургии МГМСУ, с 2007г. по 2021 г - профессором кафедры детской хирургии МГМСУ.

   Научная и практическая деятельность Айвара Кабировича Файзулина принадлежала области уроандрологии и генитальной хирургии. Файзулин А. К. является автором множества научных работ и патентов на изобретения, его методики хирургического лечения активно используются в клиниках России. На кафедре детской хирургии МГМСУ Файзулин А.К. читал лекции и вел студенческий кружок, многие бывшие студенты, а теперь коллеги вспоминают его с теплотой и отмечают влияние его преподавательской деятельности на выбор ими специальности.

   В настоящее время кафедру возглавляет Лауреат премии Мэра Москвы, Лауреат премии «Призвание» лучшим врачам России, д.м.н., профессор Поддубный Игорь Витальевич. Он хорошо известен  как ведущий в нашей стране специалист в области детской лапароскопической хирургии и один из создателей нового направления в детской хирургии – миниинвазивного метода  лечения  самых различных хирургических заболеваний у детей, автор 6 монографий и более 200 научных работ, посвященных различным разделам детской хирургии – колопроктологии, неотложной абдоминальной хирургии, эндоскопической хирургии, урологии и др.