История возникновения  кафедры патологической физиологии  связана с именем известного учёного, академика АМН СССР профессора Николая Александровича Фёдорова, который в 1943 году организовал кафедру и возглавлял ее до 1975 года. В 1975 – 1997гг. кафедрой заведовал крупный российский патофизиолог, доктор медицинских наук, профессор, основатель собственной школы патофизиологов – Владимир Валентинович Михайлов. В 1985г. с целью совершенствования учебной и научной работы на кафедре был организован курс патофизиологии для студентов стоматологического факультета. В 1988г. произошла реорганизация курса в кафедру патологической физиологии стоматологического факультета, которую до 2009г. успешно возглавлял профессор Воложин А.И. С 2009г. по 2014г. кафедрой патологической физиологии стоматологического факультета руководила  профессор Русанова Анна Георгиевна.      Кафедру патологической физиологии лечебного факультета в период с 1998г. по 2004г. возглавлял заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент РАМН Александр Александрович Подколзин. В  2004г. заведующим кафедрой патологической физиологии лечебного факультета стал  профессор Игорь Юрьевич Малышев. В 2008-2009гг. кафедра участвовала в большом масштабном проекте Инновационной образовательной программы МГМСУ. В результате этого в учебной работе кафедры стали использоваться инновационные подходы при составлении лекций и проведении практических занятий, были разработаны новые инновационные критерии курсовых работ по патофизиологии.      В 2014г. произошло объединение кафедр патологической физиологии стоматологического и лечебного факультетов в единую кафедру патологической физиологии под руководством профессора Малышева И.Ю. В настоящее время кафедра продолжает успешное развитие в научном и педагогическом направлениях. В учебный процесс активно внедряются современные методики преподавания, научные разработки кафедры. В 2018г. на кафедре был создан музей, в котором представлена коллекция инструментов и аппаратов функциональной диагностики, использовавшихся в разное время для проведения фундаментальных исследований по патологической физиологии.