Абитуриенты, успешно прошедшие конкурсный отбор, перед зачислением в учебный военный центр заключают Договор о прохождении обучения по программе военной подготовки и прохождении военной службы по контракту после окончания вуза.  В случае нарушений условий договора, отчисления из вуза за неуспеваемость, недисциплинированность или отказа от заключения контракта о прохождении военной службы после окончания вуза, гражданин возмещает государству затраты на свое обучение и денежные средства, полученные в виде дополнительной стипендии.

Гражданин, отчисленный из учебного военного центра, в установленном порядке отчисляется с целевого места в вузе, финансируемого за счет средств федерального бюджета. На освободившееся место может быть зачислен гражданин из числа студентов 2–3 курсов, изъявивший желание пройти обучение по программе военной подготовки в учебном военном центре.

         В программу военной подготовки входят учебные дисциплины сгруппированные в три цикла: цикл дисциплин общевоенной подготовки, дисциплины тактико-специальной подготовки и дисциплины военно-профессиональной подготовки.

В ходе обучения по программе военной подготовки студенты проходят учебный сбор и войсковую стажировку, продолжительностью по 30 суток.

Освоение программы военной подготовки завершается проведением итоговой аттестации по программе военной подготовки.

После окончания МГМСУ гражданин, прошедший обучение по программе военной подготовки в учебном военном центре, заключает контракт о прохождении военной службы на срок, определенный законодательством РФ. Выпускникам учебного военного центра приказом Министра обороны РФ присваивается воинское звание «лейтенант медицинской службы» и они назначаются на воинские должности, подлежащие замещению офицерами.