В 1986 году в ММСИ в составе кафедры терапии факультета усовершенствования врачей (зав. кафедрой доктор медицинских наук, профессор Радзевич Александр Эдуардович) был создан курс «Клиническая иммунология для практических врачей». Уникальность этого курса состояла в том, что занятия по данной дисциплине проводились не для врачей по специальности «аллергология и иммунология», а для клиницистов других специальностей - терапевтов, хирургов, акушеров-гинекологов, педиатров и т.д. с целью познакомить их с практическими возможностями иммунологии в широкой врачебной практике. Первым руководителем курса была Полия Вольфовна Глан, кандидат медицинских наук, клинический аллерголог-иммунолог, высококвалифицированный врач, прекрасный руководитель и талантливый педагог.
После кончины Полии Вольфовны Глан в 1993 году курс возглавила ее коллега Гришина Татьяна Ивановна, доктор медицинских наук, аллерголог-иммунолог. Большая потребность среди практикующих врачей больниц и поликлиник г.Москвы в знаниях, которые они получали на курсе, а также многочисленные пожелания студентов лечебного факультета привели к тому, что Ученый Совет ММСИ в январе 1996 года принял решение о создании на базе курса кафедры Клинической иммунологии для студентов старших (5 и 6) курсов лечебного факультета. В дальнейшем на кафедре были созданы программы обучения ординаторов по специальностям: онкология, дерматовенерология, оториноларингология, офтальмологии, эндокринология, а с 2007 года по 2010 год - для ординаторов стоматологических кафедр.
В 2015 году Кафедру Клинической иммунологии объединили с кафедрой Клинической аллергологии и иммунологии ФДПО, осуществляющей свою деятельность под руководством профессора, академика РАН Хаитова Р.М, и с 2005 года занимающейся постдипломным образованием врачей, повышением их профессиональной квалификации и переподготовкой врачей других специальностей. Хаитов Р.М., длительное время возглавлявший ГНЦ Институт иммунологии, был избран заведующим объединенной кафедрой Клинической аллергологии и иммунологии лечебного факультета. Это дало возможность проводить обучение ординаторов кафедры на более высоком профессиональном уровне, поскольку в клинике Института иммунологии проходят лечение пациенты с различными формами аллерго- и иммунопатологии, в т.ч. с редкими орфанными заболеваниями.
Клиническими базами кафедры в настоящее время являются: Клиника ФГБУ «ГНЦ Института иммунологии» ФМБА России и ГКБ им. Е.О.Мухина.
Учебный процесс на кафедре проводится на высоком методическом уровне, с учетом новейших достижений в области иммунологии и аллергологии. Аудитории оснащены необходимым для ведения учебного процесса оборудованием. Занятия на кафедре ведет квалифицированный профессорско-преподавательский состав. Лаборатория на клинической базе кафедры позволяет не только демонстрировать технику определения показателей иммунного статуса, аллергостатуса, показателей для верификации аутоиммунных и инфекционных заболеваний и т.д., но и проводить практическую диагностическую и научную работу на клинических базах. Кафедра осуществляет большую научно-исследовательскую работу по всем современным направлениям аллергологии и иммунологии, в том числе в разработке новых технологий диагностики и лечения аллергических заболеваний и иммунопатологии.
С 1996 года по настоящее время сотрудниками кафедры опубликовано более 200 и 15 монографий, подготовлено и защищено более 35 кандидатских и докторских диссертаций, получено 7 патентов на изобретения.